Настройка параметров интерфейса оболочки Norton Commander выполняется с помощью команды Команды | Конфигурация (Commands | Configuration). В открывающемся диалоговом окне Конфигурация (Configuration) можно установить: параметры экрана (вариант цветового оформления, отображение строки подсказки и строки меню, часы, размер экрана и др.); параметры настройки панелей; гашение экрана; параметры мыши, порт и тип принтера; встроенный или внешний редактор; подтверждение различных операций (выполнения, перемещения и удаления файлов, удаления каталогов, выхода); метод сжатия и необходимость пароля.
В процессе настройки оболочки можно также создавать пользовательское меню, задавать реакцию системы на расширение имени файла и получать информацию о характеристиках и распределении памяти компьютера.