Хотя первыми пользователями системы Mathematica были инженеры, физики и математики, область ее применения быстро расширилась. Сегодня едва ли можно указать область, в которой программа Mathematica не применяется, ее используют физики, биологи, социологи, инженеры, студенты и школьники, хотя последним пользоваться подсказками этой системы часто запрещается. Программа Mathematica сыграла решающую роль во многих важных научных открытиях и стала стандартным инструментом многих инженеров. Она широко используется в планировании и финансовом анализе, с ее помощью исследовались многие сложные финансовые модели. И, конечно же, система Mathematica стала важным инструментом информатики. Результаты, получаемые с ее помощью, используются также для создания новых, более совершенных версий этой системы.